這個日本自古以來，共存著人類、以及擁有特殊力量的非人的存在。 擁有特殊力量的他們，有著人類的外貌以及獸類的血統，而被稱呼為『亞人』， 並且以『忍者』之名侍奉著當時的有權者們。 於是，時間來到了現代—— 「遵照自古以來延續的約定，為了侍奉您而從風魔之里前來！忍♪」 就這樣不請自來的貓耳忍者：由良還有玉。 而面對「最喜歡你氣場」全開逼近的兩隻，雖然一開始還有所抵抗， 但卻被兩隻那拼命又令人憐愛的樣貌所擄獲，男主角漸漸地喜歡上了她們。 扶養費用（飼料？）該怎麼賺取呢？ 在這種時代，雇用了忍者之後又該用在什麼地方呢？ 盡管一邊煩惱著，在和可愛的貓咪們之間的接觸之下，卻逐漸地萌生了身為主人的自覺。 然而，卻有人在陰影之中窺視著這樣的一人與兩隻……？ 就這樣，和總是說著忠義、忠義的可愛貓咪忍者們，開始了充滿溫馨、偶爾有戰鬥的日子。

晴れて正式に猫忍者ゆら・たまの主となった主人公。 ところがゆらとたまはすっかり飼い猫のように ぐーたらな日々を過ごしていた。 一方忍者の主らしくあろうと鍛錬を行う主人公に感心し、 特訓に付き合ってあげることにしたなち。 そこで思わず主人公に密着してしまった なちの意外な反応は……？

この日本には古来より、人と、人ならざる異能の持ち主が存在していた。 人に近い容姿と獣をルーツとする異能の力を持つ彼ら獣人達は『亜人』と呼ばれ、 『忍者』として時の権力者に仕えてきた。 以上、おさらい！ かくして、運命のご主人様である主人公にお仕えするため、 風魔の里からやってきた猫耳忍者のゆらとたま。 騒動もようやく落ち着いて、ひとつ屋根の下一緒に暮らし始める一人と二匹だが、 平和でぐーたらな日々にさっそく不穏な影が？ 突如として街に現れた謎の忍び『猫飼 律』―― 一体その狙いとは？ 風雲急を告げる中、 猫忍二匹を率いる立場の主人公にも任務を与えられる。 「ここは一体どこだぴょん？」 可愛い以外になんの取り柄もない、 あきらかにうさぎな自称猫（？）忍者『マヤ』。 記憶喪失忍者の子守を命じられた主人公。 そして巻き起こるゆらとたまの家庭内ヤキモチ抗争。