這個日本自古以來，共存著人類、以及擁有特殊力量的非人的存在。 擁有特殊力量的他們，有著人類的外貌以及獸類的血統，而被稱呼為『亞人』， 並且以『忍者』之名侍奉著當時的有權者們。 於是，時間來到了現代—— 「遵照自古以來延續的約定，為了侍奉您而從風魔之里前來！忍♪」 就這樣不請自來的貓耳忍者：由良還有玉。 而面對「最喜歡你氣場」全開逼近的兩隻，雖然一開始還有所抵抗， 但卻被兩隻那拼命又令人憐愛的樣貌所擄獲，男主角漸漸地喜歡上了她們。 扶養費用（飼料？）該怎麼賺取呢？ 在這種時代，雇用了忍者之後又該用在什麼地方呢？ 盡管一邊煩惱著，在和可愛的貓咪們之間的接觸之下，卻逐漸地萌生了身為主人的自覺。 然而，卻有人在陰影之中窺視著這樣的一人與兩隻……？ 就這樣，和總是說著忠義、忠義的可愛貓咪忍者們，開始了充滿溫馨、偶爾有戰鬥的日子。

ある日、謎の抜け忍が街に潜り込んだらしい、 と主人公に話をする彩羽。 抜け忍の目的は不明だが、もしかしたら 主人公に関係するのではないかとのこと。 しかしゆら・たまが常に主人公にべったりでは 相手も警戒して手を出してこないだろうと、 急きょ彩羽が主人公の護衛として共同生活を送ることに……？

「あなたにお仕えするために風魔の里からやって参りました！」 ……なんて調子で、可愛い猫耳忍者ゆらとたまが押しかけてきた、 あの日からはや数ヶ月。 律やマヤという新しい家族も増え、 主人公の毎日はいっそう明るく楽しく、にぎやかなものに。 しかし、やはり？ 案の定！ 風雲急を告げる新展開。 「わたくしは雑賀衆、次代の長！ 孫市の名を継ぐ者……雑賀陽葵！」 という感じで現れたタカビー美少女とお付きの二匹。 果たして彼女の目的とは？ 雑賀衆ってなんのこと？ 現代猫忍活劇も、堂々の第三幕。 ボリュームアップした可愛さで、あなたににゃんにゃんしちゃいます。

『 猫忍えくすはーと2 』より、 各ヒロインの後日談を描いた ちょっとエッチなイチャラブミニストーリー！ ゆら編: なんやかんやで律とマヤの二人を迎え大所帯となった北条家。 いっそう主人公の寵愛を受けたいと対抗心を燃やすゆらだが、おしおきへの抗議としてプチ家出を敢行。 公園にたどり着いたゆらは、そこで主人公のクラスメイトの女子が噂話しているのを目撃し……？ たま編: 魔法少女を通じて正義の心に目覚めた、たま。 忍者はしばらくお休みして、正義活動を頑張ろうとするたまを見守る主人公。 かくして町の平和を守るため、魔法少女ごっこ（？）が始まるのだった。 律編: 他のぐーたらしてる連中に差をつけたい律。 主人公の家計の助けにもなればと、自分はちゃんと働こうと決意する。 アルバイトを始めた律の意外な才能とは……？ マヤ編: イマイチ、みんなとの実力差が埋まらないことに悩んでいるマヤ。 みんな自分を軽く見てると公園でため息をついていると捨て猫を見つける。 同じ猫（？）として見過ごすわけにはいかない、と飼うことを強行するが……？