晴れて正式に猫忍者ゆら・たまの主となった主人公。 ところがゆらとたまはすっかり飼い猫のように ぐーたらな日々を過ごしていた。 一方忍者の主らしくあろうと鍛錬を行う主人公に感心し、 特訓に付き合ってあげることにしたなち。 そこで思わず主人公に密着してしまった なちの意外な反応は……？

ある日、謎の抜け忍が街に潜り込んだらしい、 と主人公に話をする彩羽。 抜け忍の目的は不明だが、もしかしたら 主人公に関係するのではないかとのこと。 しかしゆら・たまが常に主人公にべったりでは 相手も警戒して手を出してこないだろうと、 急きょ彩羽が主人公の護衛として共同生活を送ることに……？

この日本には古来より、人と、人ならざる異能の持ち主が存在していた。 人に近い容姿と獣をルーツとする異能の力を持つ彼ら獣人達は『亜人』と呼ばれ、 『忍者』として時の権力者に仕えてきた。 以上、おさらい！ かくして、運命のご主人様である主人公にお仕えするため、 風魔の里からやってきた猫耳忍者のゆらとたま。 騒動もようやく落ち着いて、ひとつ屋根の下一緒に暮らし始める一人と二匹だが、 平和でぐーたらな日々にさっそく不穏な影が？ 突如として街に現れた謎の忍び『猫飼 律』―― 一体その狙いとは？ 風雲急を告げる中、 猫忍二匹を率いる立場の主人公にも任務を与えられる。 「ここは一体どこだぴょん？」 可愛い以外になんの取り柄もない、 あきらかにうさぎな自称猫（？）忍者『マヤ』。 記憶喪失忍者の子守を命じられた主人公。 そして巻き起こるゆらとたまの家庭内ヤキモチ抗争。