這個日本自古以來，共存著人類、以及擁有特殊力量的非人的存在。 擁有特殊力量的他們，有著人類的外貌以及獸類的血統，而被稱呼為『亞人』， 並且以『忍者』之名侍奉著當時的有權者們。 於是，時間來到了現代—— 「遵照自古以來延續的約定，為了侍奉您而從風魔之里前來！忍♪」 就這樣不請自來的貓耳忍者：由良還有玉。 而面對「最喜歡你氣場」全開逼近的兩隻，雖然一開始還有所抵抗， 但卻被兩隻那拼命又令人憐愛的樣貌所擄獲，男主角漸漸地喜歡上了她們。 扶養費用（飼料？）該怎麼賺取呢？ 在這種時代，雇用了忍者之後又該用在什麼地方呢？ 盡管一邊煩惱著，在和可愛的貓咪們之間的接觸之下，卻逐漸地萌生了身為主人的自覺。 然而，卻有人在陰影之中窺視著這樣的一人與兩隻……？ 就這樣，和總是說著忠義、忠義的可愛貓咪忍者們，開始了充滿溫馨、偶爾有戰鬥的日子。

ある日、謎の抜け忍が街に潜り込んだらしい、 と主人公に話をする彩羽。 抜け忍の目的は不明だが、もしかしたら 主人公に関係するのではないかとのこと。 しかしゆら・たまが常に主人公にべったりでは 相手も警戒して手を出してこないだろうと、 急きょ彩羽が主人公の護衛として共同生活を送ることに……？