この日本には古来より、人と、人ならざる異能の持ち主が存在していた。 人に近い容姿と獣をルーツとする異能の力を持つ彼ら獣人達は『亜人』と呼ばれ、 『忍者』として時の権力者に仕えてきた。 以上、おさらい！ かくして、運命のご主人様である主人公にお仕えするため、 風魔の里からやってきた猫耳忍者のゆらとたま。 騒動もようやく落ち着いて、ひとつ屋根の下一緒に暮らし始める一人と二匹だが、 平和でぐーたらな日々にさっそく不穏な影が？ 突如として街に現れた謎の忍び『猫飼 律』―― 一体その狙いとは？ 風雲急を告げる中、 猫忍二匹を率いる立場の主人公にも任務を与えられる。 「ここは一体どこだぴょん？」 可愛い以外になんの取り柄もない、 あきらかにうさぎな自称猫（？）忍者『マヤ』。 記憶喪失忍者の子守を命じられた主人公。 そして巻き起こるゆらとたまの家庭内ヤキモチ抗争。

『 猫忍えくすはーと2 』より、 各ヒロインの後日談を描いた ちょっとエッチなイチャラブミニストーリー！ ゆら編: なんやかんやで律とマヤの二人を迎え大所帯となった北条家。 いっそう主人公の寵愛を受けたいと対抗心を燃やすゆらだが、おしおきへの抗議としてプチ家出を敢行。 公園にたどり着いたゆらは、そこで主人公のクラスメイトの女子が噂話しているのを目撃し……？ たま編: 魔法少女を通じて正義の心に目覚めた、たま。 忍者はしばらくお休みして、正義活動を頑張ろうとするたまを見守る主人公。 かくして町の平和を守るため、魔法少女ごっこ（？）が始まるのだった。 律編: 他のぐーたらしてる連中に差をつけたい律。 主人公の家計の助けにもなればと、自分はちゃんと働こうと決意する。 アルバイトを始めた律の意外な才能とは……？ マヤ編: イマイチ、みんなとの実力差が埋まらないことに悩んでいるマヤ。 みんな自分を軽く見てると公園でため息をついていると捨て猫を見つける。 同じ猫（？）として見過ごすわけにはいかない、と飼うことを強行するが……？

たぬき顔の家族（妹と祖父）に囲まれながら、 そこそこ平凡な日々を過ごしてきた主人公・巻菱菊丸。 しかし、祖父の突然の死によって彼の日常は急変。 お通夜にコンバットな格好した猫耳が殴り込んでマシンガンぶっ放すわ。 妹はたぬき耳の生えた忍者に変身するわ。 何がなんだか？ な主人公のピンチを救ったのは、幻のようにはかなく朧な猫耳美女。 「私は藤花、と申します」 「……そちらの巻菱、いえ……雑賀菊丸様をお守りする者です」 困惑する菊丸に藤花は語る。 (1)この国には『亜人』と呼ばれる人と異なるルーツの者達が人知れず存在していて (2)戦国時代に忍者として活躍し、現代の日本でもこっそりあちこちに存在してる (3)そうした『裏』と人の社会を繋いできた存在が、主人公の生まれである『雑賀』の家で (4)あなたとっくに跡目争いに巻き込まれてます。のほほんとしたら死んじゃいますよ(超重要) ……みたいなことを。 なんだかちょっぴりシリアスめに(？)、今、再び幕を開く猫忍新章。 装い一新の可愛さで、あなたににゃんにゃんしちゃいます。