桜雲（さくも）区坐落于都市近郊，作为赏樱名所而广为人知。 近年来，随着区内再开发计划的推进， 创设了导入“学生生活的改善应该由学生自身来完成”的实验性教育制度， 以学生自治为理念的樱云台学院。 在这里，拥有技术与才能的学生要每天勤奋学习， 与之成果相应的将获得学习环境改善之类的各种各样的恩惠。 并且，成绩顶尖的人似乎还能够获得一些特权。 ——斗转星移，转眼已到春天。 主人公・才城蓮（さいじょう れん），以转入学院我契机久违地回到了樱云区。 为重逢欢欣雀跃的腼腆妹妹、漂亮到几乎让人以为认错人了的青梅竹马。 还有仿佛在为重逢庆祝的盛开的樱花树。 然而，仿佛是和这光景作对一般，莲刚一入学就被卷入了学生之间的麻烦当中。 偶然在场的莲帮助了其中的一个女孩子，结果， 「你要不要加入我们部呢？一起以ALIA为目标，改变这个学院吧！」 那个女孩子那么说着，向莲发出了加入自己所属的俱乐部的邀请。 「以ALIA为目标？改变学院？」 莲因为这突如其来的情况而迷惑着， 但也因为预感到从此开始的忙乱而快乐的学院生活而雀跃不已。

ここは都内、湾岸地帯にある湊十区（みなとく）。 今日は年の瀬も迫る、二学期最後の日。 成稜学園の何でも屋、黄昏部に所属する後代灯（ごだいともり）は、いつになく大きなため息をついた。 部長的存在の“奏”は、言葉巧みに俺を翻弄する。巨乳を強調して。 そこへ元生徒会長の“コトナ”が、お菓子片手に作業の邪魔をしてくる。巨乳を揺らしながら。 後輩の“結”に至っては、隙あらば腕を絡めてからかってくる。巨乳を押しつけつつも。 そんな状況で、メイド係の澄玲が笑顔でお茶を淹れてくれた。その前屈みの谷間に癒されて。 そんなおっぱいのある部……じゃなくて。 可愛い女の子たちに囲まれた黄昏部で、俺は慌ただしいながらも楽しく作業に取りかかっていた。 年末恒例、1年間の感謝を込めての大掃除というやつだ。 みんなで騒がしく部室を片付けていると、そこで見覚えなのない“古びた小箱”を見つけた。 開けてみれば、中に入っていたのは小さな鍵と差出人不明の手紙。 『私は黒き旅人』 『時の天球は破壊され、世界の均衡は崩された』 手紙には意味の分からない言葉が綴られているだけ。 それは、まさに黄昏部に遺された最後の謎（アリスグラム）。 この手紙が意味するものとは？ そして深まる女の子たちとの関係やいかに？ 果たして、彼らの選ぶ未来とはいったい……？ 主人公・後代灯のちょっと不思議で楽しいエッチな物語が今始まろうとしている。

長く険しい冬は終わりを告げ、春の到来——。 桜の咲く麗らかな日が続く春休み。主人公、瀬真颯太朗は、今日も部活に精を出していた。 彼は黄昏部の一員として、生徒会の指示のもとライバルの新生会と競い協力しながら日々、学園のために奔走している。 それはあの三学期が終わっても変わらない。 気が向けばみんなで桜の有名な桜雲区へお花見旅行に行き、またある時は新たな恋の予報に右往左往。 果てには、みんなで異世界に誘われて世界を救う。 ......彼らに託された秘密の解明と青春の旅路は、まだまだ終わることはなさそうだ。 そんな慌ただしくも楽しい毎日が続く中、海外のお偉い機関から学園へ、一人の監査官が派遣された。 彼女の名前は天雨リリエト。みんなは可愛い後輩ができたと喜んでいたが、その子は開口一番にとんでもないことを宣言する。 「学園を堕落させる根幹、黄昏部を解体します！」 そして、同じくして生徒会の顧問を更迭、健全な学園へ業務改革します。 突然のことに学園内は震撼し、再び主人公たちは窮地の騒動に巻き込まれることとなるのだった―――。