長く険しい冬は終わりを告げ、春の到来——。

桜の咲く麗らかな日が続く春休み。主人公、瀬真颯太朗は、今日も部活に精を出していた。
彼は黄昏部の一員として、生徒会の指示のもとライバルの新生会と競い協力しながら日々、学園のために奔走している。

それはあの三学期が終わっても変わらない。
気が向けばみんなで桜の有名な桜雲区へお花見旅行に行き、またある時は新たな恋の予報に右往左往。
果てには、みんなで異世界に誘われて世界を救う。
......彼らに託された秘密の解明と青春の旅路は、まだまだ終わることはなさそうだ。

そんな慌ただしくも楽しい毎日が続く中、海外のお偉い機関から学園へ、一人の監査官が派遣された。
彼女の名前は天雨リリエト。みんなは可愛い後輩ができたと喜んでいたが、その子は開口一番にとんでもないことを宣言する。

「学園を堕落させる根幹、黄昏部を解体します！」

そして、同じくして生徒会の顧問を更迭、健全な学園へ業務改革します。

突然のことに学園内は震撼し、再び主人公たちは窮地の騒動に巻き込まれることとなるのだった―――。