風吹空太郎は、空を飛びたがっていた。

通っていた航空学校が経営破綻し、転校を余儀なくされた空太郎。
そんな彼を待っていたのは、水鳥を卵から育てるという 生物部 でのまったく新しい日常だった。

新しくやりたいことができると、毎日は充実していく。
仲間たちと協力して、産まれたヒナたちの飼育に奔走する慌しくも賑やかな日々。

だがある日、空太郎は活動停止中となっていた “飛行機部” の存在を知る。
一度は諦めたはずの空を、もう一度飛べるかもしれない。 彼の心は大きく揺れ動き、そんな空太郎に 月ヶ瀬まひる は告げる。

「育てたカナダガンたちと一緒に、この空を飛ぼう」

仲間と、そして自ら育てた子供たちと共にもう一度この空を飛べたなら、……それはきっと、何より楽しいに違いない。

まだ小さな子供たちに生きる術を与えるため。 そして何より、自分たちの空への強い憧れのため。

――少年少女と鳥たちの、大空への挑戦が始まる。