元傭兵のシュミクラム乗りである 瀧沢蒼（たきざわ そう） は悩んでいた。

とある事情により戦闘能力と職を失った蒼は、養父を頼り故郷の“海神（わだつみ）”という島に帰ってきたが、
傭兵時代の相棒である 三納岸ユーリ（みなぎし ゆーり） が何故か島にまで付いてきたうえに、
着いて早々、記憶喪失の少女・月読（つくよみ） を助けたことで自宅に居候させることになってしまう。

過疎化が進みロクな仕事もない島だったが、さっそく謎の人物から仕事の依頼が舞い込む。
その内容は、海神唯一の学園である 甲華学園（こうかがくえん） に編入し、
学園生が島で発生しているテロに関わっていないか調査することだった。

学園に潜入しようとした蒼の前に、シュミクラムで立ちはだかる生徒会長の 天ケ瀬茉緒（あまがせ まお）。

その時、蒼の前に自らを妖精と名乗る少女が現れ、戦闘能力を失った蒼のシュミクラムに同化し始めた――