在永恒不变的星空之下，我们开始改变—— 向着流星所许下的愿望，会否实现呢？ 从旧时开始就存在着很多山坡和小路的、北方的港口城市、雲雀ヶ崎 （ひばりがさき）。 在大都市绝对无法看到的夜空的澄明、满天的繁星。染上了星之神話的色彩的、富有幻想的舞台。 在这样一个小城市里，死神少女拿着大大的镰刀，收割的并不是人命，而是『悪夢』。 在这个为女角们消除烦恼、跨过困难、培育爱情的故事的过程中，死神少女一直都在背后支持着主人公。 阔别几年后回到雲雀ヶ崎的主人公洋，遇见了跟童年时候分别的青梅竹马非常相似的少女。 拿着跟矮小的个子不相称的大镰刀、自称死神的少女メア。 她跟青梅竹马一样喜欢星星，只要是满天繁星的天空一出现的夜晚，她就会出现在这个城市中看星景最漂亮的展望台上。 因为青梅竹马的影响而对星星怀有兴趣的洋，每当看见在展望台上一直孤零零站着的死神少女，都会跟她一起抬头看着夜空的繁星。 在这个不能再遇见青梅竹马、而又跟她定下再会的约定的地方，他跟メア两人一起沉浸在七夕的织女与牛郎的思绪之中。 然后，在这样奇妙的二人组之中，慢慢加入了天クル的成员。 在洋转进的雲雀ヶ崎学園中，有一个以天体观测为主要活动的社团 『天クル』。 但是天クル这个社团，现在正因为部员数少了一人而不被承认为正式的社团，屋顶的使用权被禁止，因此无法进行正常的活动。 被明日歩邀请而参加了天クル的洋，为了让天クル好好地进行活动，开始为寻找同伴而奔波劳碌。 尽管还劝诱过妹妹千波和死神少女メア，但是事与愿违。 最终，他将所有的希望都寄托在对让占星术感到兴趣的衣鈴进社团的作战计划之中。

月ヶ咲は、3年目の冬に入った。 四季に関わらず、雪は降り続いていた。 ゆらゆらと舞い散る白い結晶。 そしてその雪は、積もることがないはずだった。 今ではもう、街を一面の銀世界に変えている。 雪の結晶に、一つとして同じものがないように、 雪道の足跡にも、うり二つのものはない。 たとえ後ろを振り返ったとしても、足跡は容易く溶けてしまうから、同じ道はたどれない。 まるで光のように、この時間という道は不可逆だ。 だけど、ユグドラシルの枝が、根元から見上げることで同時に観測できるように、 新たな道、新たな可能性を拓くことはできるだろう。 人間と妖精は、いくつもの雪道から、真に望むハッピーエンドを選び取らなければならない。 さあ、永遠の証となる雪の結晶ゆきのかけらを探す旅に出よう────