現世とは少し違う、妖怪や精霊といった超自然的存在 “フリークス” と人間が共存している世界。
居住者の 8割がフリークスたちである島・カクリヨトバリ。
そこで暮らす人間の少年・庚幹貴 は、一つ年上の従姉・静海 と平和に暮らしていた。
そんなある日、彼のもとにかつての幼なじみである 柳川幽香 が幽霊となって現れる。
どうしてこうなってしまったのか分からないと言う幽香を、旧友のよしみで 一時的に住まわせることになった幹貴たち。
だが、事件はそれで終わりではなかった。
ある事故がきっかけで、静海が “再生能力を持つフリークス” であると判明する。
立て続けに親しい人たちがフリークスとなった幹貴は、フリークスたちのまとめ役（見習い）である 沼楽坂理央 と
付き人の 九十九 と互いに協力し合いながら、彼女たちの正体と原因についての調査を始めることになるのだった。