今よりも、ほんのすこしあとの世界。人類は、新時代のクリーンエネルギー「魔法」を発見していた。
「魔法」という新たな技術を確立すべく、紋部省は国立魔法科学研究所を設立。
世界は魔法技術競争時代へと突入していた。
山下九十九は「龍の相」と呼ばれる特異体質のため、国立魔法学院への特別編入を勧められる。破格の好条件に、特別編入を受ける九十九。
転校初日、幼稚園の頃よく一緒に遊んだ水沢のえると再会する。
国立魔法学院を舞台に繰り広げられる、学園青春ファンタジー。