『戦女神ZERO』での物語より300年後、レスペレント地方を訪れた神殺しセリカ・シルフィルはかの地で勃発した幻燐戦争の最中に出会った王女エクリア・テシュオスに運命的なものを感じ、この戦争での罪により祖国カルッシャを追放された彼女を伴ってマータ砂漠を南下する旅の途上にあった。同じ頃、幻燐戦争に勝利しレスペレント地方を手中に収めたメンフィル国王リウイ・マーシルンは、戦いで妻イリーナ・マーシルンを失った心の傷も未だ癒えないままに戦後のレスペレント地方復興などの執務に追われる日々を送っていた。 そこに、光側の西方諸国や神殿からの使者であるマーズテリアの聖女ルナ=クリアが率いる訪問団が訪れる。また、フェミリンスの力を解放したエクリアが敗れた事で、封印が解け復活した深凌の楔魔（しんりょうのせつま）と呼ばれる魔神達も暗躍を開始する。北方諸国レスペレント地方から中原諸国アヴァタール地方へと至る広大な地域を揺るがす、長きに渡る動乱が起ころうとしていた。 ゲーム内の時期は幻燐戦争終了後にセリカとエクリアがであった時期から、シェリと共にセリカが旅立つ「戦女神I」の頃までの、約140年の間の話となっている。

ラウルバーシュ大陸南方セテトリ地方―― その一角を担うミケルティ王国は、長きに渡る戦争の末に連合都市として新たな歴史を刻み始めていた。 ミケルティ王国連合七大都市のひとつユイドラは、諸国の技術が集まり多種多様な武具が生み出される工房都市。 そんな街に暮らすウィルフレドは亡き両親から小さな工房を受け継ぎ、今、工匠として希望に満ちた一歩を踏み出した。 未だ王国内や隣国との緊張状態が続く中、それぞれに苦悩を抱えた三人の女性を護衛として招き入れるウィルフレド。 彼は新たな技術の発見と創造を目指し、様々な種族の協力を得ながら、さらなる研鑽と工房の発展に勤しむ日々を送る。 やがて工房を発展させつつ仲間たちとの愛情を深めていく中、それぞれが抱える問題に直面する。 国内での紛争、他国との戦争、他種族との諍いと、ユイドラを含むミケルティ王国連合の存亡をかけた戦乱に巻き込まれていく……。 王国の平和は、若き少年と少女たちの手に委ねられた。