『戦女神ZERO』での物語より300年後、レスペレント地方を訪れた神殺しセリカ・シルフィルはかの地で勃発した幻燐戦争の最中に出会った王女エクリア・テシュオスに運命的なものを感じ、この戦争での罪により祖国カルッシャを追放された彼女を伴ってマータ砂漠を南下する旅の途上にあった。同じ頃、幻燐戦争に勝利しレスペレント地方を手中に収めたメンフィル国王リウイ・マーシルンは、戦いで妻イリーナ・マーシルンを失った心の傷も未だ癒えないままに戦後のレスペレント地方復興などの執務に追われる日々を送っていた。 そこに、光側の西方諸国や神殿からの使者であるマーズテリアの聖女ルナ=クリアが率いる訪問団が訪れる。また、フェミリンスの力を解放したエクリアが敗れた事で、封印が解け復活した深凌の楔魔（しんりょうのせつま）と呼ばれる魔神達も暗躍を開始する。北方諸国レスペレント地方から中原諸国アヴァタール地方へと至る広大な地域を揺るがす、長きに渡る動乱が起ころうとしていた。 ゲーム内の時期は幻燐戦争終了後にセリカとエクリアがであった時期から、シェリと共にセリカが旅立つ「戦女神I」の頃までの、約140年の間の話となっている。

ラウルバーシュ大陸の西方と中原の境目に広がるクヴァルナ大平原。 ここは神々の盟約により亜人間の領域として 数千年にも及ぶ平穏と文化を築いていた。 ある時、平原南東部を管理する神に近き者『神の戒土(かみのかいど)』は 絶大なる力と知識を継承する者の育成を宣言し、 近隣一帯に対して聖地『終の御祠(ついのごし)』の門戸を開いた。 後継者候補にはこれまで立ち入ることの認められなかった 封鎖領域の探索や神の戒土が持つ能力の継承などの特権が与えられ、 厳しい試練を乗り越えていくこととなる。 その呼びかけに種族や宗教の枠組みを超えた若者達が集結し、 若き人間族の研究者エルドも叡智と未知との遭遇を求めて故郷を後にした。 後継者はたった一人……。名誉、叡智、力、富、故郷の期待を胸に 熾烈な競争が始まろうとしている……。

擅长建设迷宫和修复、筑城等技术的 “鍛梁師（たんりょうし）” 阿瓦罗的梦想是未来有一天拥有属于自己的工房。 为了实现这个梦想，作为赚取资金的一环在来到的因菲鲁斯王国接受了调查遗迹的工作，但不幸被卷入了崩塌事故。 然后在误闯之地遇见了在魔石中沉睡的女孩子・菲亚。 苏醒的菲亚虽然没有自己的记忆，但认定自己是神。 紧接着她说自己能用神的能力来活动整个遗迹，并说自己拥有必须要到被禁止进入的王国圣地 “神响霞廊（しんきょうのさんろ）” 去的目的。 说了一番让人难以相信的话的菲亚紧接着提出把遗迹当作工房也无所谓，希望他和自己一起去目的地。 虽然倍感惊讶，但接受了条件的阿瓦罗成为自称“女神”的使徒，一边将遗迹作为工房经营一边北上。 不久后 “古拉库纳城寨”的传言在国内流传开来，阿瓦罗一边和将遗迹视为有价值之物、危险之物的人战斗一边探寻关于女神的记忆的真相。 与结缘女神共同 “编织纽带的故事” 就此开幕……。

『迎撃都市グラセスタ』 かつて西方史に深く刻まれたサマラ魔族国の亡地 地下迷宮『黒の抗』の上に築いた東ゴーティア王国の王都。 『大封鎖地』の神聖結界を護らんとする光神殿側が 魔族最強国の精鋭と激しく衝突しあう要衝であり 兵の損耗率を大量に人員調達することで補い 他国から売られてくる奴隷や 名声と財貨を得ようと欲す傭兵たちが集まる 一攫千金の都市へと变貌していった。 敗殘兵の奴隷としてグラセスタに送られた主人公 『ジェダル·シュヴァルカ』は、自由を勝ち取るために 歪みの残る大封鎖地へ赴くことになる……

ミケルティ王国は静かに燻る“火種”を抱え込んでいた—— 建国60年に及ぶラウルバーシュ大陸南方セテトリ地方に位置する王国は、 豊かな自然を生かした工芸品や装飾品を作り出す熟練の職人が集まり、 王朝と民衆が手を取り合う笑いの溢れる国と評判であった。 ——しかし、そんな日々も永遠には続かず、近年様々な問題が表面化し始める。 権益を独占し民衆や職人に無理をしいる王族や貴族の発言が目立ち始め、 日々の苦しさを嘆いて不満を投げかけるも武力によって鎮圧され、より悪条件の生活に陥っていく。 民衆から笑みは失われ、権力者を刺激しないよう静かにやり過ごす日常が静かに根付いていった。 職人に必要な素材を調達する為に専門化された職業『料師』であるマルクは、 そんな生活の苦しさを身を持って感じ取るひとりの若者であった。 とある日、マルクは仕事終わりに故郷コテエリルの街で異変が起きたことを知る—— 王国を、民衆を護る役目を負っているはずの騎士団が、逆らう者を傷つけ、作物や調度品を奪い去っていったのだという。 権力を笠に着たあまりにも非道な行いに義憤を抱き、かつての平穏を取り戻す為にマルクは仲間と共に動き出す。 生まれ育った国に住む皆が、明日が来ることを疑問に思わず、笑顔で暮らせるようにと祈りを込めて——