天然ボケの姉と二人暮らしの秋端忍は、おせっかいでドジな幼なじみのめぐみや留学生のルリアに囲まれて、それなりに楽しい学園生活を送っていた。 生徒会長の加門緋美子に毎年春先に発生する猟奇事件の調査を依頼されてから忍の周囲では不思議な現象が起こりはじめた。

忌島祐介（いみしまゆうすけ）は、少女から『紅い石』を託される夢を見る。 夢を見た翌日、夜の闇のような不思議な魅力を持った少女、暦川夜（こよみがわよる）が転校して来た。 『紅い蝋石』を探しているという夜は、祐介がいつも身につけている母親の形見の『石』を見せて欲しいと言うのだった。 その前後、まるで暦川夜の存在に呼応するかのように、祈岩町周辺で忌まわしい事件や事故が次々と起こり始める。 その度に『石』は禍々しい輝きを増し、祐介の掌の中で静かに脈動するのだった。 『紅い蝋石』とは何か…、暦川夜の正体とは…。