かつて荒れ果てた学園を救った男がいた。男は、尊敬と畏敬の念を込めて『鋼鉄番長』と皆から呼ばれた。
やがて学園は平和な姿を取り戻し。学生たちは素晴らしい学園生活を過ごしていた。いつしか人々の口から『鋼鉄番長』の名前が忘れられるぐらいの時が流れた。
「富嶽学園硬等科」。男の名は「猪野 健」（いの たけし）。
彼は己の野心を実現させるために、すべての学園に牙をむいた。
明るかった学園に暗い影が落ちた。力なきモノは力あるモノに蹂躙され、生徒たちの顔からは笑顔がなくなった。
『鋼鉄番長』を知る女学生、「月夜御名 紗霧」（つくよみな さぎり）は、学園の明日を変える事のできる戦士を求めて、自らの意思で戦乱の中にその身を置く。
そして、「月夜御名 紗霧」はついに、彼女は探していた運命の人を見つけた。それがプレイヤーであるあなただ。
プレイヤーは、彼女に導かれるままに、荒れ果てた学園を救うための戦いを始める……。