……大学生になって二年目、初恋の相手だった女の子から手紙が届いた。 子供時代に勇気をくれた少女、安芸 紗倉（あき さくら）。 主人公、紺野 惇（こんの じゅん）は、 もう十年ぶりになるその女性に会いたいと約束を取り付ける。 しかし……待ち合わせ場所に現れた彼女は、昔とすっかり様子が変わってしまっていた。 「私を、助けてくれる？」 瞬間、惇は不可思議な世界に飛ばされる。 そこは夜道のコインパーキング。 紗倉が襲われ、涙ながらに処女を奪われる瞬間に降り立っていた……。

主人公・冬野つばきはある日を境に 「日常のいたるところ、モノすべて」に恐ろしさを抱くようになり精神科のドアを叩く。 静養のため入院することになり、 社会から切り離されたまさしく「閉鎖病棟」の中で、若い男がつばきを呆然と見ていた。 「やっと見つけた！ つばきさん！」 ……どうしてあの人は私の名前を知っているんだ……？ 「夏のさざんか」は主人公「冬野つばき」視点で進行する、 オーソドックスなビジュアルノベルです。 18禁男女フルボイス、選択肢によって結末が分岐します。