グランデ＝ヤクモ1000年目の節目となる今年、スイト32年は大災の予言の年。
大きな地殻変動によって異様な巨大建造物 “遺跡” が突然隆起した。
調査は難航を極めたが、ついに調査隊は “最初の部屋” に到達。 その部屋で、主人公・暁はコールドスリープ状態で発見された。
生きてはいるが、どうやって目を覚まさせればいいのか分からない。
崩壊前の時代について何かヒントを得られるのでは？ と思われたが何も出来ず、調査隊はじりじりしていた。
そんなある日、主人公が運び込まれた研究機関のある学園に通う仲良し3人組・ヒマリ、フィオラ、ルカは、こっそり研究所に忍び込んで主人公の様子を見に来ていた。
そんな折に、大きな地殻変動が発生。 主人公を押さえようとしたお姫様のヒマリが、はずみでキスをしてしまう。
その瞬間、目を覚ます主人公。 ここは？ 俺はいったい？
眠り姫……いや、眠り王子様といった感じの特異体質の主人公。
突発的に発症する眠りから目覚めさせるには、誰かにキスをしてもらわなければいけないらしい。
そして遺跡調査には主人公が不可欠なため、冒険を共にして眠る度に3人組からキスをしてもらうことに。
この時代に生きる少女たちと過去からやってきた主人公とで、遺跡の謎を解明し、世界の危機に立ち向かい、無事に平和を守ることが出来るのか !?
1000年紀の物語が今、幕を開く。