ネット上に作られた仮想の学園都市“プラネッタ”。
多くの人々がその仮想の世界の住人となり、充実した学園ライフを送っていた。
主人公・陽向 智慧（ひゅうが さとる）もその一人として“プラネッタ”へとやってくる。そこで、三ッ城 さやかと名乗る少女と出会ったことから、彼女がリーダーを務める電脳探偵団“スプライツ”の一員としてスカウトされることに――。
だが、時を同じくしてプラネッタで巻き起こる「電脳テロ」。
犯人は「イルリヒト」を名乗る正体不明のハッカー。
主人公・智慧は、スプライツの仲間たちと共に力を合わせてイルリヒトを追うが、電脳テロは、プラネッタで起きているさまざまな事件や住人たちを巻き込みながら、意外な展開を見せる……。