在那个伟大的魔法年代，最最著名的炼金术师们在炼金的过程中渐渐领悟到了生命产生的奥秘，他们将这种培育人工生命体的方法称之为「ホムンクルス」(魔导生命体)，具体方法就是将取之于人体的受精卵放置于定温的瓶中培养40天，便可以成长为独立的生命体。正因为这样的发现，使得炼金师们勘破了上帝的奥秘，而跃升为造物主的地位。
不知道过了多少年以后，故事就在一个很平静的小镇子里发生了。这里住这一位相当迷糊却也非常漂亮的炼金师シーラ（Sheila，茜拉，游戏中最为神秘的人物），她有着一个蛮帅气的学生テオ（Theo，迪奥)——当然这也就是你这位主人公了。当毕业即将到来的时候，テオ接受了一个新的也是最后的课题：利用自己的基因，培养出“新的生命”。在经历了麻烦的材料准备以后，新的生命终于在テオ房间里的玻璃柜内诞生成型了。他给这个新出生的小家伙取名为メイヴ（Maeve，梅芙，游戏默认，玩家可自行修改），并且暗暗决心一定要把她培养成为一个和真正的人类一样有感情有知性的生命。