『戦女神ZERO』での物語より300年後、レスペレント地方を訪れた神殺しセリカ・シルフィルはかの地で勃発した幻燐戦争の最中に出会った王女エクリア・テシュオスに運命的なものを感じ、この戦争での罪により祖国カルッシャを追放された彼女を伴ってマータ砂漠を南下する旅の途上にあった。同じ頃、幻燐戦争に勝利しレスペレント地方を手中に収めたメンフィル国王リウイ・マーシルンは、戦いで妻イリーナ・マーシルンを失った心の傷も未だ癒えないままに戦後のレスペレント地方復興などの執務に追われる日々を送っていた。 そこに、光側の西方諸国や神殿からの使者であるマーズテリアの聖女ルナ=クリアが率いる訪問団が訪れる。また、フェミリンスの力を解放したエクリアが敗れた事で、封印が解け復活した深凌の楔魔（しんりょうのせつま）と呼ばれる魔神達も暗躍を開始する。北方諸国レスペレント地方から中原諸国アヴァタール地方へと至る広大な地域を揺るがす、長きに渡る動乱が起ころうとしていた。 ゲーム内の時期は幻燐戦争終了後にセリカとエクリアがであった時期から、シェリと共にセリカが旅立つ「戦女神I」の頃までの、約140年の間の話となっている。