主人公是魔法少女的伪娘!?
主人公是极其普通随处可见的男生（……除了那回头率100%的美少女般的外貌）。
为了查寻下落不明的母亲的线索转校来到学园岛的主人公。
然而，造访的学园岛却苦于在每个满月之夜浮现于空中的“颠倒的教堂”产生的＜影＞以及各种各样的怪奇事件！
自然而然地被卷入事件中的主人公因为与＜影＞的对峙而觉醒成为魔法少女！
虽然主人公对于此能力迷惘不已，但从邀请他来到学园的恩师那里知晓了下落不明的自己的母亲其实是魔法少女的事实，开始作为母亲的代理继承魔法少女的事业。
接二连三出现的敌人＜影＞以及与成为同伴的魔法少女们的关系，甚至还卷入了学园生活的狂乱全开的生活揭开了帷幕。