『国立まほろば学園』――それは、人里を遠く離れた山深い森に、まるで城塞のごとき威容をそびえ立たせていた。
【蝕】によって蔓延したと言われる奇病“ナイトメア感染症”。ムーンチャイルドと呼ばれる感染者たち。 　
その治療をほどこすための施設でもある学園に、草薙ヒロトは転校してきた。 　
そこで出逢った、ひとりの少女。
「あなたが本心から真実を望むなら、見せてあげる」 　
夕月咲夜――彼女は学園の秘密を暴こうとしていた。
ヒロトは彼女と共に、大きな運命の渦に巻き込まれていく。 　
閉塞した学園で、次々と起こる怪事件。ファントムと呼ばれる怪人の伝説。
ムーンチャイルドを巡る憎悪と陰謀。 　
ヒロトは、自らが予知した「最悪の未来」を回避することができるのか？