主人公・ドミノは９人目の大魔法使いとなりました。しかし、グリモワで暮らす他の大魔法使いたちは魔法を学問ではなく、出世するための道具としてしか見ていません。 ドミノはそんな彼らのあり方に嫌気がして、ひとり帝都を離れ、辺境にある１０００年以上昔から建つと言われる「黒の塔」に住むことを決意します。
しかし他の大魔法使いたちが、そんな勝手を許す筈もありません。彼らはそれを許す条件として、一つの課題を持ちかけてきました。
"３年間で、一人前の魔法使いを育てること"
通常魔法使いになるには、何十年もの修行が必要です。しかも彼が育てることになった二人――
アリア・ヴァングリフとカヤ・シャピエは、魔法院でももてあましていた、一癖も二癖もある女の子たち。
「ムチャクチャだ…」
果たしてドミノは、この難題をクリアすることが出来るのでしょうか…？