被称为魔物的怪异生物出没的近未来。
主人公・沖田祐実之前就读的他县的全体寄宿制学园统一废止，被分配转入到御门学园。
魔物在当初虽然作为仿佛猛兽般危险的存在威胁着市民的生活，但最近因为高性能的击退装置和驱除装置普及的关系，已经被视为与野狗・乌鸦同等的害兽・害鸟。
可是，在与自称刚从深山老林里出来的和服少女一文字 菊邂逅不久，祐実就被凶暴的魔物追杀，陷入了大危机。
与菊一起觉醒了不可思议的力量击退了魔物的祐実，与拥有同样力量的少女们―　自报家门为新撰组的小魔女集团遭遇。
集团成员中包括很上劲的眼睛娘のぼりん即中島 昇，以及另外的2个人近藤 弓枝和土方 時音。她们就是祐実出于某个原因敬而远之的青梅竹马兼姐姐般的存在，溺爱他的姐姐弓姐和严厉而靠得住的時姐。
与因为不可抗力的KISS而开始侍奉祐実的法国出身的人造人少女ミシュリーヌ以及菊她们一起，经历重重波折，祐実加入新撰组一起战斗。
隐藏真实身份进行活动，受到学生和市民们喝彩的新撰组，被学校公认的魔物退治集团・海援队视为竞争对手，持续着无聊脑残的对立。
更有甚者，忙于学园生活和魔物退治，以及恋爱的祐実的面前，还出现了与应该已经和他死别的双胞胎妹妹同姓同名、性格和言行也与本人毫无二致的少女・沖田祐未。究竟她的真实身份是？
不久，被封印在学园地下的大魔王的存在也被揭晓，战斗进一步白热化！
图谋复活的玉藻与渴望着活动实绩的海援队，还有祐実他们新撰组之间的、
三足鼎立的战斗揭开了帷幕！