从圣艾尔外国人学校来的九真城惠（Megu），在托卡的指导下 提高了作为狙击手的技术，与从战伤中复归的蕾娜和真纪一同磨练着爪牙。 与此同时，美滨学园初等部的仙石大雅（Tiger）强烈希望被编入实战部队“A班”。 身为指导员的Haruto，将“克里斯作为Tiger的上官来负责照顾他”作为编入的条件。 而克里斯在与Tiger共度时光的过程中，也察觉到了自己内心的变化。 就在一切看似平稳推进之时，国内突然发生了前所未有的恐怖袭击事件。 得知事态的克里斯，不顾危险冲入了战场。——正如那一天，“她”所做的那样。 “这是我们预想中也是最糟糕的事态呢……” “有两人被杀了！怎么回事！？发生了什么！？” “他到底知不知道，把核武器带进日本意味着什么……？” “第一次开枪杀人很害怕……腿在发抖……” “蠢货……你是想把一切都毁掉吗！？” 牺牲者不断增多。 被禁锢在组织夹缝中、失去了自由的SORD。 克里斯与Tiger……以及美滨学园的命运将如何？ “是吗……我……死了啊……” 被已故母亲的回忆所拥抱，少女向着沉睡的深渊而去——

无处可去的有坂秋樱里，像是迷路一般来到了美滨学园。 在“杀手培训学校”教员这一特殊处境下，她已经度过了三个月。 有坂本应努力适应环境，与学生相依相伴，然而学园却给出了严厉的评价。 “谦虚、笨拙但认真，对任何事都热心且真诚地面对……” “虽然我认为她是个好老师，但现实是，光凭这些可无法胜任美滨的教职。” 有坂巡视学园，通过与自幼作为“杀手”被培养的少女们对话，重新审视自己。 ──就在这过程中。那如锈迹般侵蚀心灵的噩梦再次复苏── 在“杀人魔之家”里，如同蚕茧般封闭内心的少女。 啊，好可怕。 外面的世界好可怕…… 我该怎么办？ 怎样才能得到原谅？ 我做了什么？请原谅我…… 有坂面临人生中最大的决断时刻。 “即便如此，你还要继续这份工作吗？” 她所选择的世界究竟是──。