舞台となるのは多くの留学生を受け入れているルリタニア王立学院。
主人公、ハル（九藤晴）は医師になるのを志して留学したものの、生活費を稼ぐためにアルバイトに追われる日々を送っていた。
そんな中、彼の日常を大きく変える出来事が起きる。
遥か遠くの異国、凰国（おうこく）から来たお姫様との同居を強要されることに!
『シュガーコートフリークス』とは、主人公・ハルと4人のお姫様、そして彼らを取り巻く学院生の物語である。