日美联合反恐组织“防卫省中央调查部情报2课分室”——通称CIRS，因海上油田爆炸事故为契机，其存在被公之于众。 作为秘密组织的CIRS在重组之后，以继承极秘活动的形式，新组织SORD宣告成立。 以培养未来国防人才为目的而设立的SORD，以寄宿于全国各地学园组织的形态展开活动。 废校后，因无力承担拆除费用而闲置的“美滨学园”被个人收购，获得了“特殊技能训练校”的新职能。 在这所学园中，因各种原因失去归宿的少女们，被给予的只有枪与实弹。 在国防的名目之下，她们不断进行着连自身性命都无人顾及的、危险的超法规活动。 “——我们，是被这个世界养活着…… 但是，仅仅被养活是不够的，那样的话活着就没有意义。 所以，不能只是被养活，而是要凭自己的力量活下去，战斗到底，生存下来。 而只有活下来的孩子，才被允许活下去——” 如果终究是要被磨灭的性命，那么选择拿起枪来战斗的少女们的未来，将会如何……？

将因战伤而疗养中的蕾娜和真纪留在美滨，SORD成员们为参加与其他学校的夏季联合集训而飞往国外。 然而在集训地，美滨SORD被要求与圣艾尔外国人学校的希尔维亚·贝尔维特等人一同参加“脱栅者狩猎”。 虽然被卷入事件，但托卡仍要直面与父母之间的记忆，以及未能兑现的朋友之间的约定…… “是啊……我们有着即使爬也要回去的理由……必须回去。” “那么——，如果活着的话，再相见吧……” “如果难以确保（目标），处分掉也没关系……那时，希望你们能把一切都漂亮地清除掉……” ——圣艾尔的指导员、同时也是仙石一缕之弟的仙石家长男·仙石绫芽这样说道。 在各自的心意交错之中，托卡所导出的答案究竟是什么？ 真相，在网罟座的彼方……