2008年、東京――。
絶大な政治力を背景に超法規的な活動を行いながらも、その実態、目的が謎に包まれた研究機関『古痕』。 各分野の傑出した人材が集まるその組織の中でも、ひときわ異彩を放つ研究者がいた。彼の名は津名川宗慈。遺伝子工学に長け、戦闘用アンドロイドの研究を行う彼の知識の深さと鮮烈さは、 まるで『はじめから答えを知っている』かのようであった。
その研究段階で作り出され、エマ、沙友、透花と名づけられた三人の少女達は、追加された24対目の遺伝子ゆえに『エクストラ』と呼ばれていた。表面的には穏やかに見えた彼と彼女達の日常は、研究所に侵入してきた正体不明の軍事ロボットとの戦いを境に変化する。
さまざまな事件を乗り越え、徐々に明らかになっていく計画の全容とそれぞれの真の目的、エクストラに関わる人間たちの悲しい過去。エクストラの兵器としての性能を知り、暗躍を始める軍部。独自の正義に基づいて動く、公安のナンバーレスエージェント『荒山鳥人』。津名川にライバル意識を燃やすもう一人のエクストラ開発者『高宮エレン』。
交錯する人々の思惑の中で深まり行く謎。……『古痕』、『オリジン』、そして『バベル』とは……。行き場のない幾多の軋轢がドミノのように加速し、物語はすべてを巻き込みながら終焉へと昇りつめていく……。