前作の2年後、前作に登場した手塚京輔と同じ孤児院「柏木ホーム」で育った柏木きら（名前変換可能）が主人公。彼の両親が殺害された現場のホテルに共に向かったきらが、その近辺の祠で偶然一振りの太刀を手にしたところから、一謡と九艘、八咫と呼ばれる一族を巡る戦いに巻き込まれていく。なお、前作で主人公の敵だった設楽優とサブキャラだった加々良水季の2人が攻略対象に昇格した。また、前作のクリアデータがあれば、キャラ毎のデータ引継ぎが可能。引継いだ場合、作中で引継ぎキャラと白石陽菜の恋愛模様を垣間見られる。ただし、トゥルーEDの引継ぎとなる他キャラと異なり、手塚京輔のみ、2のシナリオと矛盾が生じないようにグッドEDの引継ぎとなる。

それぞれのトゥルーエンド後はじめて迎えるバレンタインとホワイトデーの話の他に 主人公の親友がメインの「もぐらたたきゲーム」、デスクトップアクセサリ、デジタル設定資料集などを収録したファンディスク。