神の術（わざ）を宿し兵（スクライブ）たちの 最終戦争（ラグナロク）
悲劇の大戦から三年。
敗北した日本の中央都市・威京（モレク） に一人の男が現れた。
名は 藤代直人。 彼の肩には、錆びついたネフィリムの徽章があった。

ネフィリム――正式名：神術兵特務部隊。
第三次東亜大戦中、たった十名で、数万の陸上部隊を壊滅させた実績を持つ実験歩兵部隊。
彼らが扱う “神式術” は、神の存在をこの世に顕示する……まさに魔術と呼ぶに相応しい力だった。
その強すぎる力を恐れたのは、敵だけではない。
神術兵特務部隊の兵たちも、己の持つ力を恐れ、いつかそれが人類の脅威となるであろうことを悟る。
ネフィリムの隊長であった 斑鳩小萠 は、戦後すぐに自分の部隊を解散させようとする。
そして内紛が起きた。
結果、小萠は殺され、彼女を庇った直人も深い傷を負うことになった。

愛する者の仇を取るため。
そして小萠の意思を継ぎ、この世にあってはならない力を封じるために、直人は立ち上がる。

感情を持つ兵器。 戦争が生み出した神に近き者たち。
彼らに待ち受けている未来は、支配か、融和か。　それとも破滅か……。

威京は、“神式兵（スクライブ）” 同士が駈け巡り、ぶつかりあう凄惨な戦場へと変貌する。