某日，在东京上空出现了和爆炸同时现身的谜之洞穴，这一现象被称为"Lost Hole”。因这一现象东京中心地区被破坏，许多人失去了生命。 沧海桑田，在那之后过了18 年后的2031年4月28日，东京湾建造了全高2000米的被称为“宇宙电梯”的谜之建筑物。街道上全息摄影看板的热闹非凡，看起来依然是一派和平的景象。但是，改变世界命运的时刻却在一步步地到来。

これまでチュンソフトが制作した「サウンドノベル」に続く新たなジャンル「RPD（ロールプレイドラマ）」という位置づけである。声優によるフルボイス、一部アニメーション付き。 TBSのテレビドラマである『3年B組金八先生』のタイトルを冠してはいるが、内容はオリジナルである。これは元々学園を舞台としたゲームを制作していたチュンソフトが、テレビドラマ『かまいたちの夜』を放送した縁のあるTBSに、既にある程度出来上がったシナリオを持ち込み『3年B組金八先生』の名前を使うことを申し入れたためである。これには「学園シミュレーション」や「学園ものギャルゲー」等との差別化を図る狙いがあった。 テレビドラマのスタッフは制作に殆ど絡んでいないが、プロデューサーである柳井満のシナリオチェックは受けている。舞台となる中学校もドラマの舞台である「桜中学」ではなく「サクラ中学」という独自の設定（ただし美術的には同じ中学校でのロケ）で、坂本金八や大森巡査などドラマからの登場人物もあくまで特別出演といったポジションで登場しており、ストーリーへの絡みは薄い。 キャッチコピーは「一度教壇に立ってみろ。先生の気持ちがよ〜く分かるぞ」。