――そして世界は2つに隔たれ、僕たちは矛盾する。
私立 永幡（エイマン）学園――
そこは各地から特殊な能力を持つ （と思われる） 学生たちを集めた “特殊能力開発科” が存在する唯一の学園だった。
主人公はそんな学園に通う、双子の兄弟。
幼なじみの姉妹や友人たちと共に、騒がしくも穏やかな日常を送っていた。

しかし、その日常は唐突に終わりを告げる。

ある日の放課後、校内に残っていた主人公たちは、突然の落雷と共に、学園ごと異次元のような謎の空間へ飛ばされてしまう。
そして弟は異次元に飛ばされた学園のほうへ、兄は偶然難を逃れて元の世界のほうへと、離れ離れになる双子の兄弟。

2人はそれぞれの場所で、ヒロインたちと共に、今までとは全く違う非日常の世界を生きることになる……