「首刈り女」。 それはただの都市伝説か、それとも……。 本州の太平洋沿岸に浮かぶ、海上ニュータウン――。 そこは国際的な新興住宅地として開発された人口島だったが、今は見る影もなく寂れてしまった場所。 そして現在、その街を舞台にして、ある噂がまことしやかに囁かれていた。 夜中にニュータウンの中をうろついていると、槍のような刃物を持ったセーラー服の少女が現れて首を刎ねられる―― 通称「首刈り女」と呼ばれるその都市伝説を巡って、人知れず物語の幕が上がる…。

主人公、渡部敦志は都内の学園に通う2年生。夏休みを前に控え、次第に周囲も受験を意識するようになってきていた。 来年の夏は受験と言うこともあり、今年の夏が最後という意識は、 敦志だけでなく周囲の人間にもあった。 また、都心の一等地にあった学園自体が、今年の1学期を最後に、都内郊外にある系列校と統合する事が決まっており、様々な意味で『最後の』夏休みとなっていた。 かつて仲良しで遊びまくったシゲオや実梨、由佳子といった友人達とも、昔のように皆で会う事も少なくなった。 それでも、皆近くにいるのだからまたすぐにでも元のように戻れると、関係を成り行きに任せて日々を過ごしていた。 そんな初夏のある日、由佳子が唐突に転校する事がわかる。 突然に訪れた4人の関係の終わりに、敦志達は戸惑う。 由佳子は、段々と周りが個人の事に気を遣るようになって、寂しさを人一倍感じているようだった。 転校が決まってからは、それがなお一層、大きくなっているようでもあった。 かつて敦志は、転校してきたばかりのこの街で、由佳子の気遣いによって、学校に馴染むことが出来た。 いつかその恩を返したいと思っていた敦志は、ある事を決める。 最後の夏を楽しむために、由佳子の為に、皆で集まり、思い出作りをするためだけの、夏限定の『部活』をスタートさせたのだった――。

在过去有关系很好的6个青梅竹马。 他们相互为友情发誓，结下坚固的牵绊……本来曾是那样的。 但不知不觉间中断了交流，最终是变得疏远了。 那之后过了7年的岁月，在不再回想过去的时候…… 主人公和仰慕自己的后辈、同学朋友们过着平稳的学园生活。 在那样的主人公面前，过去青梅竹马们的身影再次出现时—— 差不多快忘掉的那些记忆回现，故事的序幕，又再拉开。

――あの日。 本当に世界が終わるなんて、誰も信じちゃいなかった。 でも、心のどこかで、そう望んでた―― 2012. 9.29 世界が終わる―― 夏も終わりを告げようとする9月。 その噂は主にインターネットを通じて、世界中でまことしやかにささやかれていた。 もちろん、そんな噂を鵜呑みにしている人間はほとんどいない。 しかし信じずとも、密かに不安と期待を抱いている人間は大勢いた。 “その日に何かが起こるのではないか” という、漠然とした不安と期待を。 主人公は、そんな噂には一切興味のないほうだった。 彼にとって大事なのは、死んだ親友の妹を守ることだけ…… 彼のことを死んだ兄だと思い込んでいる、かりそめの妹を。 だが予備校で知り合った同級生に相談され、なりゆきで “9.29対策協議会” という非公式サークルを作ることになる。 そのサークルの目的は、今ネットで話題の “世界が終わる” という噂が真実か否か、みんなで検討して対策を練ろうというものだった。 2012年9月29日まで、あと＊日。 その日は死んだ親友の命日であり、“妹” の誕生日でもあった――

――そして世界は2つに隔たれ、僕たちは矛盾する。 私立 永幡（エイマン）学園―― そこは各地から特殊な能力を持つ （と思われる） 学生たちを集めた “特殊能力開発科” が存在する唯一の学園だった。 主人公はそんな学園に通う、双子の兄弟。 幼なじみの姉妹や友人たちと共に、騒がしくも穏やかな日常を送っていた。 しかし、その日常は唐突に終わりを告げる。 ある日の放課後、校内に残っていた主人公たちは、突然の落雷と共に、学園ごと異次元のような謎の空間へ飛ばされてしまう。 そして弟は異次元に飛ばされた学園のほうへ、兄は偶然難を逃れて元の世界のほうへと、離れ離れになる双子の兄弟。 2人はそれぞれの場所で、ヒロインたちと共に、今までとは全く違う非日常の世界を生きることになる……