ーー時は、今から少しだけ先の未来。 極東の島国、ヤマトは激化する民族間対立の最中。台頭する若年層外国人排斥過激派“ワン・トライブ”と彼らの標的となったヤマト・カルア若年層連合組織“極東ユニオン”の抗争が続いていた。 ある日、極東ユニオンのリーダー“菱原 禾絵流”と“ヤン・スジョン”は“ワン・トライブ”の影のリーダーともいえる謎の存在、“エニグマ”の居場所を突き止める。 そこは、旧教を礎とする厳格な女学院だった。 二人をサポートする国際的ジャーナリスト“小田 マサト”曰く、“エニグマ”を止めるためには誰かが学院に潜入しなければならないという。が……？