それはほんの少し前の、過去の。 何処か、知らない国のお話―― 時は現代、何処にでもいる平凡で臆病な少女「倭ツバキ」。ツバキはヤマトを震撼させたある事件をきっかけにボランティアを始めた。 紹介されたホームでの初日、職員にも敬遠される「西本」という老人に出会う。人間嫌いで評判の老人はツバキに普段見せない笑顔で接し、ツバキも老人と打ち解けていく。 そしてある日、老人は言った。「そうだ、ツバキちゃん。一つ、昔話をしてあげよう――」

ーー時は、今から少しだけ先の未来。 極東の島国、ヤマトは激化する民族間対立の最中。台頭する若年層外国人排斥過激派“ワン・トライブ”と彼らの標的となったヤマト・カルア若年層連合組織“極東ユニオン”の抗争が続いていた。 ある日、極東ユニオンのリーダー“菱原 禾絵流”と“ヤン・スジョン”は“ワン・トライブ”の影のリーダーともいえる謎の存在、“エニグマ”の居場所を突き止める。 そこは、旧教を礎とする厳格な女学院だった。 二人をサポートする国際的ジャーナリスト“小田 マサト”曰く、“エニグマ”を止めるためには誰かが学院に潜入しなければならないという。が……？