故事的舞台綾篠市自古作为城下町而一直繁荣。 明治維新后，随着现代化的推进，其纺织工业逐渐兴盛。 由于其地处由山围成的盆地，对周围区域来说，是交通，商贸往来的重要城市。 市中心的綾篠公園是一个自然公园 由篠蔓之池这样一个大块水域围成。是市民休憩，约会的重要场所， 公园旁边的小山上是男女主人公上学的綾篠学園。据传说其建校时间为明治31年，有着悠久的历史和传统。 其前身为基督教名门女子私立学校。 随着市内人口增加，政府为满足生源需要，故改变其经营模式，改建为普通公立学校。其体制也改为男女混合学校。 主人公「高梨 亮」目前住在綾篠公園旁綾篠学園后方的大型住宅区域内。 美丽，和谐的城市生活中，暗藏着不安的阴影: 美少女「柊 美柚」的尸体被发现， 从綾篠学園楼顶上逝去的生命「吾妻 梨花」。 为了结束在这一城市中发生的惨剧，结束这一无休止的噩梦。 故事就这样开始了。 被红色的落叶以及清新的空气包围着的綾篠市。在市内的学校上学的高梨 亮以及青梅竹马 藤見 たまき过着平静而快乐的生活。 たまき对自己表明了好感，因为是青梅竹马的缘故，亮迟迟不能决意。 就这样“朋友以上，恋人未满”的关系持续着，突然，街道上发生了怪事。 2人的学校綾篠学園里有名的美少女的尸体被发现了。对这一事件，学園里的同学们产生了许多的流言，学園里交织着各种不同的推测。

父親の海外出張を機に、生まれ故郷のまほろば市で一人暮らしをすることになった主人公「黒田 孝弘（くろだ たかひろ）」。 しかし、駅を降りるとそこには、東西に分断するオレンジ色の線が…。なんと、合併前のふたつの町同士で争いを繰り広げていたのだ。 主人公が通う「まほろば学園」も、オレンジ色の境界線でまっぷたつ。学園内の施設を巡って、争い絶えない毎日。 そんな中、学園の優先権を賭けた学園祭が行なわれることに。夏休み明けの学園祭に向け、ヒートアップする学生たち。 奇妙な学園に慣れる時間も与えられず、次々と騒動に巻き込まれ、文字通り東奔西走する孝弘。 お祭り騒ぎに突入した学園を舞台に、少年少女の運命を変える「FESTA!!」が始まろうとしていた。

「Liber_7 永劫の終わりを待つ君へ」 右手で触れた物の記憶を操る能力を持つも、目立たないよう平穏な学園生活を送っていた主人公・石動直斗。 しかしある夏の日、突然彼を含む特殊能力者たちを争わせようとするメールが送られてくる！ 否応なしに戦いに巻き込まれ、滅びを迎えてしまう直斗。 ところが次の瞬間、彼は3日前の朝に戻っており、自分が新たな能力に目覚めたことを知り……。

■11eyes before ストーリー 原作 『11eyes -罪と罰と贖いの少女-』 にて登場し、主人公たちの前に立ちはだかった不死の魔女 “リーゼロッテ・ヴェルクマイスター”。 その魔女が、かつて 『禁書目録聖省』 の6人の使徒と壮絶な死闘を繰り広げた時の物語。 ■11eyes if ストーリー 不死の魔女 “リーゼロッテ・ヴェルクマイスター”。彼女がただ一人愛し焦がれた男は、約550年前に共に戦ったドラスベニアの国王であったヴェラード。 そのヴェラードが、未来を見る力を持つ魔具 『劫（アイオン）の眼』 を使い、リーゼロッテがまだ魔女となっていない、非業の運命を辿る以前の無垢な少女 “リゼット・ヴェルトール” の頃の時代へタイムワープし、リゼットを魔女にさせないために戦いに身を投じる物語。 ■11eyes after ストーリー 原作 『11eyes -罪と罰と贖いの少女-』 から1年後の世界の物語。 かつて魔女・リーゼロッテによって過酷な戦いを強いられた主人公たちであったが、仲間たちとの絆によって世界は救われることになった。 草壁美鈴、橘菊理の先輩たちは虹陵館学園を卒業。駆たちは進級し、それぞれ楽しく平和な学園生活を送っている。 そんな中、彼らは新しい悩みに直面してしまう。

かつて日本のとある地方都市『綾女ヶ丘市』で、人類の存亡を賭けた秘められた戦しがあった。運命に引き寄せられた少年少女は、異空間に封印されていた魔女と戦うことになる。 『赤い夜』という異空間の中で、隻眼の少年『皐月駆(さつきかける)』は『草壁美鈴(<さかべみすず)』という陰陽師の少女と出会う。 生死を賭けた激戦を乗り越えたとき、駆と美鈴の間には分かち難い·愛情が芽生えていた。 戦いを終え、美鈴が故郷である『草壁の里』へ帰ると告げたとき、駆も草壁姓を名乗り、自らも陰陽師になる決意を伝える。 風詠ヶ岳と呼ばれる険しい山地の麓にある『草壁の里』へと帰った美鈴と駆。 かつて流派の宝刀五振りすべてを独占し、里を去っていた美鈴に対して、里の者たちの風当たりは予想以上に厳しかった。 しかし、里を襲った怪異『骨喰』を美鈴と駆が倒したことをきっかけに、その風向きが変わりはじめる。 そして、駆は厳しい修行の果てに、ついに草壁流陰陽師としての印可を得る日が訪れる。 それは婚約していた美鈴と正式に結ばれることを意味した。 草壁流独自の『婚姻の儀』を終えたふたりは、新婚初夜を迎える。 それまで幾度となく、愛し合ってきてはしたが、特別な夜にふたりは激し<燃え上がるのだった。 婚姻に至ったふたりではあったが、駆は美鈴に内緒である計画を練っていた。 草壁流の仕来たりに粛々と従う美鈴が、実は長年夢見ていた『結婚の形』があることを駆は知っている。 そんな愛妻の夢を叶えるために、駆が動き始める。 『11eyes』本編で語られなかった美鈴と駆のその後を描く物語が、今ここにはじまる——