出雲学園に通う塔馬ヒカルは、乱暴な妹や可愛い後輩たちと楽しく暮らす普通の学生です。 ところが、いつからか夜な夜な夢の中に不思議な女性が現れて、ヒカルを呼ぶようになります。 ある日、その夢に導かれるままヒカルは普段使われていない教室に足を踏み入れ、そこで地下へ続く道と、その奥の祭壇を発見します。 そこに飾られていた鏡に触れた途端、いきなり大きな地震に襲われ、命からがら脱出したとき、見慣れた学舎は魔物の巣と化していたのです。

ＩＺＵＭＯ２の冒険を終え、現代へと帰ってきた猛たち。 やっと平和な生活に戻れると思いきや、再びネノクニからやって来たサクヤによって大騒動が巻き起こります。 しかもニニギという謎の少年までが一緒で、彼が言うには、自分はサクヤの婚約者なのだとか。 嫌がるサクヤは咄嗟に猛に抱きつき、「この人が私の愛する人よ」と宣言し、自体は一層混沌の渦の中に。 さらに、一触即発状態の猛とニニギの間に、ネノクニに残った剛とヒミコまでもが現れ‥‥ 何とかその場を収拾し、ひとまず猛の住む塔馬家に居候することになったサクヤとニニギ。 しかも、猛の祖父である六介の取り計らいにより、何とサクヤたちも出雲学園に編入することに！ やがて次々と姿を現す、新キャラクタ達。そして現代に溢れ出てくる悪霊や精霊。 こうして平和な日々はあっけなく終わりを告げ、波瀾万丈の学園生活が幕を開いたのです。

工藤駆はいつも孤独でした。両親には早く死なれ、ずっと一人暮らしの生活。 まだ学生のため昼は学園に通い、終われば病院の妹のもとを訪ねる毎日。 彼の妹は病弱なため、幼い頃から入院生活を余儀なくされてきたのです。 周りからは不良少年とみなされ、あまり友達付き合いもありません。 そんなある日、ひょんなきっかけで知り合った飛鳥井なつみに新聞部に誘われ、 半ば強引に入部させられてしまいます。 始めは嫌々参加していましたが、仲間が増えて行くにつれて彼自身に変化が訪れてきます。 やがて周りで起こり始める奇怪な事件。 異界に浸食されてゆく街の中で、彼らを待ち受けているものとは…？