時は明治１２年。舞台は国際都市、横浜。文明化著しいこの時代に、異世界からやって来てこの世を跳梁するという悪霊を退治し、調伏するための組織が密かに作られようとしていました。桐谷五郎という名の男の指揮によって作られたその組織は、『警視庁特別班』、またの名を『内務省直属悪霊対策班』。 祖母の遺言で人を探すために横浜に降り立った永峰和人。海軍エリートの道を歩みながら、命令により転任させられた沢木宗一郎。武者修行の旅で東京に現れた山田虎之助。幼い頃に別れた兄を慕って追ってきた永峰陽子。婿捜しのために上京してきた上杉美園。顔も知らぬ父を捜すために琉球を飛び出した玉城萌夕。 様々な道を経てこの組織にやって来た６名の男女。彼らは自らを鍛えながら、悪霊による数々の事件を解決して行くことになります。 やがて徐々に姿を現してくる敵の姿。幕末の動乱から始まった因縁の数々、そしてそれに異世界の影が絡み合い、物語は大きな奔流となって行きます。

私立出雲学園に通う八岐猛は天涯孤独の身ながら、親友であり剣道のライバルでもある大斗剛、 そして幼馴染みの白鳥琴乃、明日香の姉妹など、多くの人々に囲まれ幸せな日々を送っていました。 ある日、突如として襲った地震と共に学園は一変してしまいます。 教師や学生たちは姿を消し、学舎はツタで覆われた廃墟と化し、いたるところを見たこともない怪物が徘徊しています。 やっとのことで学園を脱出しますが、剛と琴乃は消え、自分たちが住んでいた町は影も形もありません。 そして猛たちの前に現れる古代衣装に身を包んだ人々。 果たして猛たちは元の生活に戻ることが出来るのでしょうか。