10年前。《復活》と呼ばれる原因不明の災厄により、全てが捻じ曲げられ、異形と化した都市『インガノック』。かつてこの世の理想郷たる完全環境都市（アーコロジー）を目指したそこは、今では外界と隔絶され、都市存続を唯一至上の目的とする非情な法律と、現出したお伽噺の住人、神話の怪物達が跋扈し、奇病業病が蔓延する地獄の様相を呈していた。 そんな中。人々に変人と罵られながらも、弱者撲滅を謳う都市法に抗い、手を差し伸べ続ける巡回医師ギー。彼は《復活》後の都市で独自に生み出された魔法にも似た超技術『現象数式（クラック）』を操る、『違法数式医（イリーガル＝クラッキング・ドク）』だった。 溢れる“死”に感情を凍てつかせ、己の身を省みず手を差し伸べても、零れ落ちていく命達。もはや使命感か義務感か、己を衝き動かすものの正体さえ掴み切れはしない。そしてまた、ギーも自身に芽生え始めた狂気を自覚していた。 『こんにちは。ギー』 今日も幻の道化師は囁く。ギーの視界の端で踊り続ける、この十年で芽生えた狂気。 …しかし。その日は何かが違っていた。 『こんにちは。ギー。雑踏をよく見てご覧』 狂気が造り出した幻に過ぎない筈の、道化師の導き。ギーは自嘲しながらも、気付けば声に従っていた。 ――そしてギーは出会ったのだ。彼の、そして都市の命運をも左右する二人に。 一人は少女。この異形都市に在りながら穢れを知らず、人が忘れた“笑顔”を絶やさぬ不思議な少女。 一人は影の巨人。お伽噺の住人にして、都市に残された最後の希望と謳われる“鋼の人形”。 ギーが得たものとは一体？ 《奇械》とは何か？ 都市が忘れていた真実とは？ 閉ざされていた物語は、少しずつ動き始める……。

既知大陸の辺境都市で、小型飛空挺を駆りなんでも屋を営むコニーとシェラ。ある日、ヤーロという少女を助けたことによって、既知大陸の半分を支配する軍事国家「帝国」に目をつけられてしまう。帝国はヤーロの持つ「緑色秘本」なるものを狙っていた。突如現れた青年カルベルティによって彼女らは助け出され、そのまま小型飛空挺「ウルメンシュ」に乗り帝国の追撃を逃れ、さらには「既知世界」と「未知世界」を隔絶する「世界の水殻」までも突破に成功してしまう。 しかし、その直後、ヤーロは「緑色秘本」を残して去ってしまう。コニーとシェラは再びヤーロに会うため、なにもかもが初めての未知世界を駆け巡る。 そして同時に、帝国もある思惑によって動き出していた。