日美联合反恐组织“防卫省中央调查部情报2课分室”——通称CIRS，因海上油田爆炸事故为契机，其存在被公之于众。
作为秘密组织的CIRS在重组之后，以继承极秘活动的形式，新组织SORD宣告成立。

以培养未来国防人才为目的而设立的SORD，以寄宿于全国各地学园组织的形态展开活动。
废校后，因无力承担拆除费用而闲置的“美滨学园”被个人收购，获得了“特殊技能训练校”的新职能。

在这所学园中，因各种原因失去归宿的少女们，被给予的只有枪与实弹。
在国防的名目之下，她们不断进行着连自身性命都无人顾及的、危险的超法规活动。

“——我们，是被这个世界养活着……
但是，仅仅被养活是不够的，那样的话活着就没有意义。
所以，不能只是被养活，而是要凭自己的力量活下去，战斗到底，生存下来。
而只有活下来的孩子，才被允许活下去——”

如果终究是要被磨灭的性命，那么选择拿起枪来战斗的少女们的未来，将会如何……？