全てを奪われ、自由の街「エリューテリア」へとたどり着いた主人公の久阪雪光は、
「ダイナーを再興したい」という夢を抱く少女と出会い、そして結ばれた。

仲間たちとともに多くの困難を乗り越え、DDダイナーを再興して一年。
再び物語が動き出す。

雪光はウラガ機関の任務で関わりのあった双子の姉妹に再会する。

「まさか、メルクとバルタなのか……！？」
「必ずまた会えると信じていました。あなたが無事で本当によかった……！」

任務を遂行する中で、雪光はメルクと結婚の約束をした。
だがその約束が果たされることはなかった。

「過去のことは水に流して、これからまた同じ刻を過ごしてまいりましょう」
「あー、すまないがそういうわけには……」

過去の女性「メルク」と、今の恋人「ユニカ」。
二人の間で板挟みになった雪光は、果たしてどんな決断を下すのか。

一方で、不穏な影が雪光たちに迫りつつあった。
DD-mod保有者を「人類に仇為す者」と敵視し、殲滅しようともくろむ「白羊教聖教会」。
彼らは第五真祖アリスと、その背後にいるユニカと雪光に目をつけた。

「あれらは邪教崇拝者だ。怪物（フリークス）は狩らねばならない」

そう告げられたのは、白羊教聖教会のシスターであるメルクとバルタで——

—— 神の子らに宿りし魂には大いなる救済を、悪より出でし怪物（フリークス）には魂への贖罪を。
灰は灰へ、塵は塵へ、かくあれかし ——