“如果主人命令的话，我也可以毁灭人类。”

以培养反恐特殊部队等未来国防人才为目的而设立的学园组织SORD。
因各种原因失去归宿、无处可去的少女们，被送到SORD并拿起了枪。
因为这是获得活下去的赦免的唯一方法。

担任传习员（Handler）的ARATA所在的SORD训练校“美滨学园”D班，是被称作“不良库存”（Dead Stock）的差生集合。
为了让学生们能多活一天，ARATA运用神经信号连接技术“PeTS”进行训练。

就在这样的某一天，他与一位不可思议的少女相遇了。
——在恐怖分子的据点中，在培养槽里沉睡的少女·艾尔。
如同被命运引导一般，ARATA与艾尔通过PeTS建立了连接，克服了绝体绝命的危机，将她迎入班级。

然而，那也是与神秘恐怖组织“HEIDIO”战斗的开始。

这是失去了归宿、除了拿起枪和实弹之外别无选择的少女们的故事——。