誰も傷つけない　誰も傷つかない
生きた時間が死んだ　甘く優しいセカイ
そこに生きるか、そこに残るか、そこで消えるか
とある地方の巨大学園都市、サガミナミ市。
街の中心にあるのは巨大な学園施設、「サガミナミ総合学園」そのサガミナミ総合学園に通うごく普通の学生、「橘那由多」はそれなりに楽しく、それなりに学業に勤しむ真面目な学生生活を送っていた。
それなのに、なぜか「進級単位が足りない」という事態に。このままでは留年確定。
困りはてたそんな時、単位をくれるという謎のゼミのチラシを手に入れた。そこにはこう書かれていた。
「来たれ我がゼミに！掴め希望のセカイ！キミの欲しいものはここにある（単位とか☆彡）」
……どうみてもふざけている。那由多は「絶対にイタズラだ」と思ったが、
単位がもらえるかもしれないという期待には勝てず、チラシに書かれていたゼミの場所に向かった。
そこで出会ったのは、「Dr.SOS」と名乗る、見るからに怪しいマッドサイエンティストだった。
彼は自分の助手になれば単位をやる、と言われたが、「ヤバい、マズい、ヒドい」と三拍子そろったDr.SOSを見て、
Dr.SOSのゼミで操り広げられるトラブルの満載の日々。その騒がしくも楽しい日常の横で、
少しづつセカイが動き初めていることを那由多は、まだ知らない——