「天見修」は、現在の科学技術と魔術の融合を図る『現代魔術師』の一人である。日常の世界に身を置きつつも、自分は非日常に生きる人間だということを自覚しているため、「魔術師」であることを隠し、周囲とは表面上の付き合いのみで、ある程度、距離を置いて日々を送っていた。
放課後の虹陵館学園の屋上で、修は、クラスメイトの「吾妻汐音」に告白される。しかし修はその告白を断ってしまう。健気に泣き顔を見せないように走り去る汐音に対して、申し訳ない気持ちになるが、修が生きている世界は、普通の女の子が知るものとはまったく別の世界。彼にとって虹陵館学園の学生であることは、世を忍ぶ仮の姿でしかなかった。
そのことで、汐音の友人であり、クラス委員長の「紅野澪」が、修に食ってかかってきた。強い感情をこめて理由を問いただしてくる、クラス一の才媛と名高い澪。その一方的な言い分に、さすがの彼も若干の反感を抱かずにはいられなかった。そんな修に遊び友達の「照屋匡」が妙な話を持ちかける。
「修は『ドッペルゲンガー』って信じるか?」
街では自分のドッペルゲンガ一を見た者は、行方不明になるという噂が流れていた。匡の幼なじみである「奈月香央里」が、どうやらそれを見てしまったらしい。匡も他人事ではないと心配になったようで、修に、相談をもちかけてきたのだった。
ドッペルゲンガ一の噂を都市伝説程度に捉えていた修は、『図書館の魔女』と呼ばれる「黒芝かなえ」に話を持ちかけた。美女ではあるが、どこか近寄りがたい雰囲気のかなえではあったが、丁寧に話をしてくれる。かなえの説明で、香央里の不安は払拭されたが、現代魔術師としての直感と、不穏な気配を察し、密かに一人で調査を開始する。
そんなある日のこと。澪が、人形のように美しい青し髪の少女と戦っている場面に遭遇する。そこで澪が駆使してしたのは、明らかに修が習得している「現代魔術」。驚愕しながらも、修は圧倒的なカで吹き飛ばされ危機に陥った澪を見て、自らの魔術を解放する───だが、 少女はそれをカ押しで破り、沈黙したまま姿を消してしまった……。
さらに、数日も経たないうちに驚くべき事件が起こる。青い髪の少女が転校生として、「百野栞」と名乗り、教室に姿を見せたのだ───。
綾女ケ丘で密かに進行している連続失踪事件。利害が錯綜したまま、修たちと未知なるものとの戦lが始まろうとしていた───。