時に平成18年。人間社会は深刻化する猿害の被害に悩まされていた。 この猿害に対処するために社会に生み出されたのがエイプハンター――人間と識別困難な猿人を狩り出すスペシャリスト。彼らの使命はただ一つ。 人間界に潜伏する「進化猿」を発見し、処理することなのだ。 ガイナックスが贈る『電脳学園』シリーズ第4弾はシステム一新のクイズアドベンチャー。腕利きのエイプハンターとして、全知能を賭けて電脳学園から「進化猿」を抹殺せよ！ お前の尻にしっぽはあるか!?

ひょんなことから優勝すれば何でも願いの叶う麻雀大会に参加することになったシンジ。優勝目指して仲間とともに特訓にはげむ。ふしぎの海のナディアやトップをねらえ!のキャラクターなども加わって…。