人類は、いや、この大宇宙は崩壊の危機に瀕している！ この危機を救えるのは人類最後の希望、グレートガンバスターのみ。グレートガンバスター起動に必要な3つの鍵を手に入れ、宇宙を救うのだ。 『電脳学園』のシリーズ第3弾の背景世界はガイナックスのOVA『トップをねらえ！』。アニメに登場したユング、カズミ、ノリコの3人が登場。アニメ版オリジナルスタッフならではの美麗なグラフィックし、クイズバトルを繰り広げる。OVAでは見られなかったあのキャラクターのあんな姿も見られるのはゲームならでは。 刻一刻と消失してゆく銀河集団。大宇宙消滅を前に、人類に残された時間は、残りわずかしかない。努力と根性で立ち向かえ!!