游戏改编自日本动画系列片《蓝宝石之谜》，该片大致改编自法国著名作家儒勒·凡尔纳的作品，特别是《海底两万里》。故事围绕一位14岁的法国男孩让展开，他是一位才华横溢的发明家和狂热的冒险家。他与身世神秘的非洲血统马戏团逃家女孩娜迪亚一起，试图揭开娜迪亚吊坠的秘密，途中遭到新亚特兰蒂斯人及其冷酷无情的领袖加克依的追捕。游戏的剧情与动画后期情节并行，当时两位主人公已经与神秘的尼莫船长联手，乘坐神奇的潜艇"鹦鹉螺号"前往斐济岛，希望能找到让的父亲最后一次出现的那艘失踪船只的踪迹。