CD-ROMの大容量を使用することにより、写実的な背景や音声を実現し、全百話というボリュームを実現している。
オープニング後の画面には百本の火の付いた蝋燭が表示され、その中の一本を選択することで話が始まるシステムとなっており、一話終わるごとに蝋燭が消えていき、百本すべての蝋燭を消すことで終了となる。また蝋燭を百本消した後には百一話が出現するため実際に収録されているのは百一話となっている[1]。選択した蝋燭によって話の内容が変化するため話の順番はランダムとなっているが、最終話である百話と百話読了後に発生する第101話は固定となっている。
基本システムは画面上に背景とともに文章が表示されていき、ボタンを押すことで怪談を読み進めていく「実話ストーリー」となっているが、その他に「スペシャルストーリー」として稲川淳二の語りによる怪談話も収録されている。 また、怪談話以外にも学校内を探索する「学校の七不思議」や関東圏内の心霊スポットを紹介する「心霊現象マップ」というモードも存在する。
一度読んだ話は百本の蝋燭が並んでいる選択画面でセレクトボタンを押すことで「百の記憶」というタイトルの画面から再度読むことができる。さらに、百話すべてを終了した後に追加となるおまけモードが存在する。
この作品には以下の4つのモードが存在し、また百話すべてを終了した後におまけモードが追加される。
実話ストーリー
一般投稿による心霊体験談を文章によって読んでいくモードであり、このゲームのメインシステムとなっている。通常は話の内容に合わせた実写背景が表示されるが、「3D立体サウンド」が使用されている話はタイトルの右下に「STEREO」と表示され、背景も「幻想絵画」と呼ばれる絵が表示されるようになっている。
スペシャルストーリー
稲川淳二が肉声で恐怖体験を語るモード。このモードではタイトル画面でボタンを押すのみで、後はプレイヤーが介入する部分はなく、話を聞くのみとなる。
学校の七不思議
学校の七不思議として有名な話を紹介するモードで、「理科室」「トイレ」「階段」など校舎内の場所を選択し、調査することを目的としている。途中で選択肢が出ることがあり、「写真を撮る」場面では心霊写真が撮れることもある。
心霊現象マップ
関東地方にある心霊スポットを紹介するモード。画面に表示された心霊スポットを選択し、そのスポットにまつわる話や交通手段、評価を見ることができる。
おまけモード
百物語体験用ろうそく
100本の蝋燭が用意され、一話終わるごとに任意で消すことができる。百話終了後に何かが起こるとされている。
電子こっくりさん
画面上に表示されたこっくりさん用紙を使用し、方向キーの上下左右のボタン部分にそれぞれが人差し指を載せて使用する。このモードのみ、複数名でプレイすることができる。
ESPカード
裏向きで表示されるESPカードの絵柄を当てていくモード。プレイする枚数を選択することができ、枚数に応じて当たった確率が表示されるようになっている。