前作より数ヶ月後、世界中の大地は砂漠化が進んでいた。あちこちには、地形を変化させる変動地型が現れ、街と街の間を移動することも難しい状況になっている。（街を結ぶ道や森までもが変動地形になってしまったから）人々はこの現象を「ファントム・フェノメノン」と呼んだ。 国の中心である「王都」では事態を重く考え、原因追求のため各地に調査班を派遣した。主人公（プレイヤー）は、もともと王都の騎士団に所属し過去の「王都戦争」でも活躍したナイトの称号も持つ精鋭であったが、兄（前作の主人公）の消息が途絶えた事をきっかけとし、騎士団を脱退し、とある小さな街へ辿り着いていた。 主人公の後を追うように、調査班の一員として王宮魔導団「レイン・レイフィールド」も同じ街へと辿り着いていた。 レインは主人公と過去に付き合っていた恋人であったが、王都への不信感を持つ主人公と意志の相違とささいな嫉妬心から気まずくなり、交流を絶っていた。しかし、一匹狼として驚くほど逞しく成長していた主人公に再会することに・・・。